ก่อนเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 ขบวนการชาตินิยมกะเหรี่ยงได้เคลื่อนไหวในขั้วตรงข้ามกับขบวนการชาตินิยมพม่า ชาวกะเหรี่ยงเป็นชาวคริสต์และจงรักภักดีกับอังกฤษ ส่วนชาวพม่าต่อต้านจักรวรรดินิยมและเป็นชาวพุทธ ใน พ.ศ. 2484 มีชาวกะเหรี่ยงในกองทัพถึง 35% ในขณะที่มีประชากรเป็นชาวกะเหรี่ยงเพียง 9.34% ชาวพม่าอยู่ในกองทัพเพียง 23.7% ในขณะที่มีประชากรเป็นชาวพม่าถึง 75.11%

การยึดครองของญี่ปุ่น

การรุกรานพม่าของญี่ปุ่นใน พ.ศ. 2485 เป็นจุดเริ่มต้นของการครองอำนาจของชาวพม่า ญี่ปุ่นจัดตั้งกองทัพเอกราชพม่าเพื่อช่วยในการควบคุมประเทศ ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่เป็นการสร้างกองทัพของชาวพม่า โดยกองทัพนี้ไม่มีชนกลุ่มน้อยที่มีความเกี่ยวข้องกับอังกฤษอยู่ด้วย กองพลกะเหรี่ยงกองพลแรกจัดตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2486

ชาวกะเหรี่ยงคริสต์ส่วนใหญ่ยังคงจงรักภักดีกับอังกฤษ แม้จะเป็นช่วงที่ญี่ปุ่นเข้ามายึดครอง กองทัพต่อต้านของชาวกะเหรี่ยงได้จัดตั้งขึ้นในเขตเทือกเขาทางตะวันออกของพม่า ใน พ.ศ. 2488 มีทหารกะเหรี่ยงถึง 12,000 คน กองทัพนี้ถูกฝึกเพื่อสู้รบกับกองทัพญี่ปุ่และชาวพม่าที่เข้าร่วมกับญี่ปุ่น ญี่ปุ่นได้ลงโทษชาวกะเหรี่ยงอย่างรุนแรง ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2487 กองทัพกะเหรี่ยงมีบทบาทสำคัญในการรบชนะญี่ปุ่นที่ตองอู นอกจากนั้นยังสามารถต่อต้านญี่ปุ่นที่เทือกเขาดอว์นาได้เป็นเวลานาน[31][32] เหตุการณ์สำคัญระหว่างสงครามคือการสังหารชาวกะเหรี่ยงโดยกองทัพเอกราชพม่าใน พ.ศ. 2485 กองทัพทำลายหมู่บ้าน 400 แห่ง และคาดว่ามีผู้เสียชีวิตถึง 1,800 คน เหตุการณ์นี้ทำให้เกิดความตึงเครียดระหว่างเชื้อชาติกะเหรี่ยงและเชื้อชาติพม่า ที่อองซานพยายามเข้ามาไกล่เกลี่ย

การกลับมาของรัฐอาณานิคม

หลังจากที่ญี่ปุ่นพ่ายแพ้และอังกฤษกลับมาฟื้นฟูระบอบอาณานิคมในพม่า แต่ระบบการปกครองในพม่าถูกทำลาย มีเพียงเจ้าที่ดินในท้องถิ่นมีอำนาจและมีกลุ่มติดอาวุธจำนวนมาก กองทัพเอกราชพม่าของอองซานอยู่ในฐานะกลุ่มที่เข้มแข็งที่สุด ในสภาพดังกล่าว ลอร์ดเมาท์แบตเทิร์นได้เสนอให้สร้างกองทัพขึ้นมาสองกลุ่มคือกองทัพของชาวพม่า และของกลุ่มที่ไม่ใช่ชาวพม่า และควบคุมโดยเจ้าหน้าที่ชาวอังกฤษ กองทัพดังกล่าวนั้นตั้งขึ้นเมื่อกลางปี พ.ศ. 2488 ประกอบด้วยกองพลทหารพม่า 4 กอง ทหารกะเหรี่ยง 2 กอง ทหารกะชีน 2 กอง และทหารชีน 2 กอง ความต้องการของอองซานที่ต้องการให้คงหน่วยทหารของเขาร่วมกับกองทัพใหม่ได้รับการยืนยันในการประชุมแคนดีเมื่อ 6-7 กันยายน พ.ศ. 2488 ที่ศรีลังกา

อังกฤษยังคงใช้นโยบายในการสร้างหน่วยทางการเมืองหลังยุคอาณานิคม 2 หน่วยในเขตการปกครองพม่าหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 อย่างไรก็ตาม อิทธิพลของอองซานและกองทัพของเขาที่สนับสนุนด้วยขบวนการเสรีชนต่อต้านฟาสต์ซิสต์ได้เพิ่มขึ้น ชาวกะเหรี่ยงและชนกลุ่มน้อยอื่นๆกลัวที่จะต้องถูกบีบให้อยู่ในรัฐที่มีชาวพม่าเป็นชนกลุ่มใหญ่ ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2488 ผู้นำชาวกะเหรี่ยง ซอบาอูจี และซิดนีย์ ลูนี ได้เสนอให้อังกฤษตั้งรัฐใหม่เรียกกะเรนิสถาน ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488 ชาวกะเหรี่ยงเสนอจะจัดตั้วสหรัฐกะเหรี่ยงชายแดน แต่รัฐบาลอังกฤษไม่ได้สนใจมากนัก เพราะอาจทำให้มีข้อเรียกร้องแบบเดียวกันจากชาวกะชีน ชีน และไทใหญ่ได้

อองซานพยายามจะรวมชนกลุ่มน้อยทั้งหมดเข้าในประเทศพม่าในอนาคต ในวันที่ 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2490 อองซานได้ลงนามในความตกลงเวียงปางหลวงกับตัวแทนชาวไทใหญ่ ชีน และกะชีน แต่ไม่มีตัวแทนจากกะเหรี่ยง หนึ่งวันก่อนการลงนามในความตกลงเวียงปางหลวง องค์กรของชาวกะเหรี่ยงได้รวมตัวเป็นสหภาพแห่งชาติกะเหรี่ยงและคว่ำบาตรการเลือกตั้งสภาร่างรัฐธรรมนูญ ทำให้ไม่มีเสียงของชาวกะเหรี่ยงเข้าไปร่วมโต้แย้ง รัฐธรรมนูญใหม่ของพม่าใน พ.ศ. 2490 ไม่สามารถแก้ปัญหาของชาวกะเหรี่ยงได้ ในวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2490 ผู้นำสหภาพแห่งชาติกะเหรี่ยงในย่างกุ้งสั่งให้จัดตั้งองค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยง และจัดตั้งการดำเนินงานใต้ดิน ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2490 รัฐบาลของสันนิบาตเสรีชนฯเสนอให้สหภาพแห่งชาติกะเหรี่ยงจัดตั้งรัฐกะเหรี่ยง แต่สหภาพแห่งชาติกะเหรี่ยงปฏิเสธเพราะต้องการควบคุมดินแดนมากกว่าในข้อเสนอ

อังกฤษเกรงจะเสียการควบคุมกองทัพของชาวพม่า และเห็นกะเหรี่ยงเป็นกุญแจสำคัญ โดยผลักดันให้ทหารกะเหรี่ยงเข้ามามีบทบาทในกองทัพ สมิท ดุนเป็นนายพล ซอซีโซควบคุมกองทัพอากาศ และหัวหน้าหน่วยที่สำคัญเป็นชาวกะเหรี่ยง